Евгений Фоменко окончил юридический факультет Кубанского государственного университета. В органах прокуратуры работает с августа 1996 года.
За свою карьеру занимал посты помощника прокурора Новороссийска, прокурора кассационного отдела управления по надзору за законностью судебных постановлений по уголовным делам, прокурора первого отдела по надзору за следствием и дознанием следственного управления, прокурора отдела кадров прокуратуры края, заместителя прокурора Центрального округа Новороссийска, прокурора Абинского района, прокурора Прикубанского округа Краснодара.
С декабря 2012 года и до назначения в наш район он работал в должности прокурора Краснодара.